本系為民國100年所成立之系所，前身分別為92年成立之南島文化研究所以及93年成立之區域政策與發展研究所，其中區域政策與發展研究所並配合進修暨推廣部於93學年度申請設立「公共事務管理碩士學位在職進修專班」(現在名稱：公共與文化事務學系碩士在職專班)之業務需要，協助負責該班課程規劃、師資安排等教學支援事項。兩研究所在經過長時間的耕耘下，為配合學校的整體發展，兩所突破以往發展，結合所屬之專業領域並擴展研究視角。於民國99年向教育部申請成立「公共與文化事務學系」並於同年順利通過，在100年開始招生。且為了改善台東地區專業社工人員不足及進修管道缺乏的現況，本系於109年成立社會工作二年級制在職專班。